茎环引物实时定量 PCR 技术用于检测异核苷修饰的 siRNA 的可行性研究

null 王雨斯; Yuan 马元; null 刘欣洁; null 张礼和; null 杨振军

doi:10.1360/n032015-00029

茎环引物实时定量 PCR 技术用于检测异核苷修饰的 siRNA 的可行性研究

Translated title of the contribution: Feasibility of quantification for isoNA modified siRNA using stem-loop RT-qPCR

王雨斯, 马元, 刘欣洁, 张礼和, 杨振军^*

^*Corresponding author for this work

Chinese Medicine - Teaching and Research Division

Research output: Contribution to journal › Journal article › peer-review

Abstract

本文考察了茎环引物实时定量 PCR 技术用于定量检测 D-/L-异核苷(D-/L-isoNA)修饰的 siRNA 的可行性. 根据阈值循环数(Ct 值)及异核苷修饰的 siRNA模板的初始浓度的对数值(lgC)绘制了标准曲线, 与 siRNA 的标准曲线进行对比, 发现 D-异尿苷(D-isodU)修饰的 siRNA (D-isodU-siRNA)不影响茎环引物实时定量 PCR过程, 而 L-isodU 修饰的 siRNA (L-isodU-siRNA)降低了逆转录效率, 而使测得的 Ct值偏高, 且对逆转录效率的影响有浓度依赖性和修饰位点特异性. 因此, 对前者既可进行绝对定量也可进行相对定量, 对于后者只能进行绝对定量. 将上述方法应用于isodU-siRNA 血清稳定性的检测, 获得了更可靠的定量结果. 运用双标准曲线法, 可进行胞内 isodU-siRNA 的定量检测.

Translated title of the contribution	Feasibility of quantification for isoNA modified siRNA using stem-loop RT-qPCR
Original language	Chinese (Simplified)
Pages (from-to)	710-718
Number of pages	9
Journal	中国科学: 化学
Volume	45
Issue number	7
DOIs	https://doi.org/10.1360/n032015-00029
Publication status	Published - 1 Jul 2015

User-Defined Keywords

茎环引物实时定量 PCR
异核苷
绝对定量
双标准曲线法
stem-loop RT-qPCR
isoNA
absolute quantification
dual-standard curve

Access to Document

10.1360/n032015-00029

Cite this

@article{401ed7bfc6324762bcba286ee3fc08a5,

title = "茎环引物实时定量 PCR 技术用于检测异核苷修饰的 siRNA 的可行性研究",

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keywords = "茎环引物实时定量 PCR, 异核苷, 绝对定量, 双标准曲线法, stem-loop RT-qPCR, isoNA, absolute quantification, dual-standard curve",

author = "王雨斯 and 马元 and 刘欣洁 and 张礼和 and 杨振军",

note = "本工作得到国家重点基础研究发展计划(2012CB720604)、国家高技术研究发展计划(2012AA022501), 以及国家自然科学基金(20932001)资助, 特此一并致谢. ",

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TY - JOUR

T1 - 茎环引物实时定量 PCR 技术用于检测异核苷修饰的 siRNA 的可行性研究

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N1 - 本工作得到国家重点基础研究发展计划(2012CB720604)、国家高技术研究发展计划(2012AA022501), 以及国家自然科学基金(20932001)资助, 特此一并致谢.

PY - 2015/7/1

Y1 - 2015/7/1

N2 - 本文考察了茎环引物实时定量 PCR 技术用于定量检测 D-/L-异核苷(D-/L-isoNA)修饰的 siRNA 的可行性. 根据阈值循环数(Ct 值)及异核苷修饰的 siRNA模板的初始浓度的对数值(lgC)绘制了标准曲线, 与 siRNA 的标准曲线进行对比, 发现 D-异尿苷(D-isodU)修饰的 siRNA (D-isodU-siRNA)不影响茎环引物实时定量 PCR过程, 而 L-isodU 修饰的 siRNA (L-isodU-siRNA)降低了逆转录效率, 而使测得的 Ct值偏高, 且对逆转录效率的影响有浓度依赖性和修饰位点特异性. 因此, 对前者既可进行绝对定量也可进行相对定量, 对于后者只能进行绝对定量. 将上述方法应用于isodU-siRNA 血清稳定性的检测, 获得了更可靠的定量结果. 运用双标准曲线法, 可进行胞内 isodU-siRNA 的定量检测.

AB - 本文考察了茎环引物实时定量 PCR 技术用于定量检测 D-/L-异核苷(D-/L-isoNA)修饰的 siRNA 的可行性. 根据阈值循环数(Ct 值)及异核苷修饰的 siRNA模板的初始浓度的对数值(lgC)绘制了标准曲线, 与 siRNA 的标准曲线进行对比, 发现 D-异尿苷(D-isodU)修饰的 siRNA (D-isodU-siRNA)不影响茎环引物实时定量 PCR过程, 而 L-isodU 修饰的 siRNA (L-isodU-siRNA)降低了逆转录效率, 而使测得的 Ct值偏高, 且对逆转录效率的影响有浓度依赖性和修饰位点特异性. 因此, 对前者既可进行绝对定量也可进行相对定量, 对于后者只能进行绝对定量. 将上述方法应用于isodU-siRNA 血清稳定性的检测, 获得了更可靠的定量结果. 运用双标准曲线法, 可进行胞内 isodU-siRNA 的定量检测.

KW - 茎环引物实时定量 PCR

KW - 异核苷

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KW - stem-loop RT-qPCR

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UR - http://dx.doi.org/10.1360/n032015-00029

U2 - 10.1360/n032015-00029

DO - 10.1360/n032015-00029

M3 - Journal article

SN - 1674-7224

VL - 45

SP - 710

EP - 718

JO - 中国科学: 化学

JF - 中国科学: 化学

IS - 7

ER -

茎环引物实时定量 PCR 技术用于检测异核苷修饰的 siRNA 的可行性研究

Abstract

User-Defined Keywords

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